Ngoài khu vực di tích và đền thờ Trình Quốc công thuộc địa phận 2 huyện Vĩnh Bảo (quê nội Nguyễn Bỉnh Khiêm) và Tiên Lãng (quê ngoại Nguyễn Bỉnh Khiêm) của TP. Hải Phòng, các nhà nghiên cứu Hán Nôm tại Việt Nam đã phát hiện một số di vật lịch sử có giá trị lớn không chỉ về Nguyễn Bỉnh Khiêm mà còn về thời Mạc nằm trong địa phận 2 huyện Thái Thụy và Quỳnh Phụ (sau khi hợp nhất 2 huyện cũ là Quỳnh Côi và Phụ Dực) của tỉnh Thái Bình tiếp giáp với huyện Vĩnh Bảo của TP. Hải Phòng.[91]

Trong bài viết “Bài văn bia ghi việc tạc tượng Tam giáo, chùa Cao Dương của Trình Quốc công” (Tạp chí Hán Nôm số 1, 1990) của hai tác giả Đinh Khắc Thuân và Vũ Tuấn Sán có đoạn:

Bài văn bia ghi việc tạo tượng Tam giáo chùa Cao Dương được viết vào những năm cuối đời ông[92] và khắc lên bia đá lưu truyền đến ngày nay. Bia dựng sát hậu cung chùa Cao Dương thuộc xã Cao Dương, huyện Thái Thụy, tỉnh Thái Bình, cách quê Trạng Trình không xa. Bia dẹt, cao 100cm, ngang 65cm. Trán bia là hình bán nguyệt, ở trung tâm chạm mặt nguyệt to tròn, có nhiều tua mây. (...) Bài văn bia được viết bằng chữ Hán. Chữ khắc chân phương, nét khắc mảnh phóng khoáng. Có đôi chữ bị mờ, song vẫn có thể khôi phục được. Bia gồm 26 dòng, dòng nhiều chữ nhất là 36 chữ, cả thảy là 570 chữ. (...) Văn bia viết năm 1578, lúc ông đã 87 tuổi, 7 năm trước khi mất. Đúng là bài văn bia khắc trên đá hiếm thấy của vị trạng nguyên nổi tiếng. Ngoài bài này, hiện nay chúng ta chỉ biết có bài nữa của ông là Trung Tân quán bi minh trên tấm bia Trung Tân ở quê ông tại làng Trung Am huyện Vĩnh Lại nay thuộc huyện Vĩnh Bảo, ngoại thành Hải Phòng. Tấm bia này nay không còn, chỉ được biết qua Hoàng Việt Văn tuyển do Bùi Huy Bích chép lại vào cuối thế kỷ XVIII. (...) Lời thuật và bài bia minh việc tạo tượng Tam giáo và sửa chùa Cao Dương: Diên Thành sơ niên nhị nguyệt cốc nhật. Tứ Ất Mùi khoa Tiến sĩ cập đệ Trình Quốc công trí sĩ Vĩnh Lại, Trung Am Nguyễn tự Hanh Phủ soạn. [Dịch nghĩa: Ngày lành tháng 2 năm đầu niên hiệu Diên Thành (1578). Tiến sĩ cập đệ khoa Ất Mùi (1535) trí sĩ họ Nguyễn tự Hanh Phủ, tước Trình Quốc công, người xã Trung Am, huyện Vĩnh Lại soạn.][7][8][9]

Trong bài viết “Hai tấm bia Trạng Trình soạn mới phát hiện ở Thái Bình” (Tạp chí Hán Nôm số 6, 2002), nhà nghiên cứu Hán Nôm Nguyễn Hữu Tưởng mô tả chi tiết 2 tấm bia có niên đại thời Mạc do chính Nguyễn Bỉnh Khiêm soạn văn và cho khắc đá:

Tháng 11 năm 2000, đoàn cán bộ Viện nghiên cứu Hán Nôm tiến hành sưu tầm tư liệu Hán Nôm tại huyện Quỳnh Phụ, tỉnh Thái Bình. (...) Chúng tôi được chứng kiến hai tấm bia có niên đại nhà Mạc do chính Cụ Trạng Trình Nguyễn Bỉnh Khiêm soạn còn được bảo vệ khá nguyên vẹn tại đây. Trên một vùng đất láng giềng với quê hương Cụ Trạng, lại là hai bài văn do chính Cụ Trạng sáng tác, được lưu giữ trên chất liệu tương đối bền vững, thiết nghĩ hai tấm bia này là một bảo vật cần được trân trọng và gìn giữ. Bởi vậy chúng tôi thấy cần giới thiệu rộng rãi cho giới nghiên cứu và giới quản lý văn hóa về hai tấm bia này.

- Tấm bia thứ nhất: được phát hiện tại chùa Thanh Quang, thôn An Phú, xã Quỳnh Hải (thuộc Quỳnh Côi cũ). Qua các tư liệu Hán Nôm, đây là ngôi chùa đã có từ triều Trần. Ngoài hiên chùa dựng 4 tấm bia có niên đại từ đời Mạc tới đời Nguyễn. Sư cụ giữ chùa cho biết trong chùa còn một tảng đá nữa và đưa chúng tôi vào xem. Tại tiền đình chùa, khe giữa ban thờ đức ông và tường chùa quả có một tấm bia. Vì khe quá hẹp, bia lại chôn sâu gần một nửa trong nền gạch, nên khi bật lửa soi chúng tôi chỉ thấy bia có dấu hiệu là bia thời Mạc nên đề nghị dân làng đào lên. Khi tấm bia được đưa lên, thì đó đúng là tấm bia thời Mạc. Tấm bia gồm hai mặt, khổ 70 x 79cm. Mặt 1 tấm bia nhan đề Diên Thọ kiều bi (Bia cầu Diên Thọ). Phần tên tác giả đề: Tứ Ất Mùi khoa Tiến sĩ cập đệ Đệ nhất danh Trình Quốc công trí sĩ, Vĩnh Lại Trung Am Nguyễn Bỉnh Khiêm Hanh Phủ soạn. Phần niên đại đề: Sùng Khang vạn vạn niên chi tam, bát nguyệt, thập ngũ nhật: Ngày 15 tháng 8 năm Sùng Khang 3 (1568).

- Tấm bia thứ hai: Khi tới xã An Ninh (thuộc Phụ Dực cũ) chúng tôi được các đồng chí ủy ban xã cho biết trong xã có một tấm bia Cụ Trạng và đưa chúng tôi tới xem. Tấm bia này nằm tại chùa Khang Ninh, xã An Ninh. Bia 2 mặt khổ 55 x 63cm. Mặt một bia nhan đề: Tu tạo thạch Phật bi ký (bia ghi về việc tạc tượng Phật bằng đá). Phần tác giả đề: Tứ ất Mùi khoa Tiến sĩ cập đệ Trình Quốc công trí sĩ, Vĩnh Lại Trung Am Độn Tẩu Nguyễn Bỉnh Khiêm Hanh Phủ soạn. Phần niên đại đề: Diên Thành nhị niên thập nhất nguyệt, thập bát cốc nhật - Ngày lành 18 tháng 11 năm Diên Thành 2 (1579).[8]

Trong đợt khảo sát khác cũng thuộc địa bàn huyện Quỳnh Phụ của tỉnh Thái Bình, nhà nghiên cứu Trang Thanh Hiền (Tạp chí Văn hóa Nghệ thuật số 355, 2014) có mô tả sơ lược về tấm bia cầu Diên Thọ (Diên Thọ kiều bi) do Trình Quốc công Nguyễn Bỉnh Khiêm soạn năm 1568:

Chùa Thanh Quang hiện nay là mới được dựng lại, nhưng ở chùa còn lưu giữ 4 tấm bia ký, trong đó có 3 bia thời Chính Hòa. Các bia này bao gồm: bia Diên Thọ kiều cổ tích bi, năm Thịnh Đức thứ 4 (1656), nói về sự tích cây cầu Diên Thọ. Cũng liên quan đến cây cầu này có tấm bia An Diên Thọ kiều bi ký, nói về việc làm cầu ở An Phú, Quỳnh Phụ, soạn năm Chính Hòa năm thứ 12 (1691). Một bia Hậu thần bi ký, soạn năm Chính Hòa thứ 26 (1705), nói về việc dựng đình ở An Phú (ngôi đình này hiện không còn). Và, một bia có hai mặt, một mặt đề Diên Thọ kiều bi, niên đại năm Sùng Khang thứ 3 (1568). Mặt sau của tấm bia này đề Trùng tu tân tạo Thanh Quang tự bi ký. Trong số các bia này, chúng tôi đặc biệt chú ý đến 2 tấm bia năm Thịnh Đức 4 (1656) và tấm bia 2 mặt. Tấm bia hai mặt có kích thước 70 x 79cm, người soạn là Nguyễn Bỉnh Khiêm, khi đó có chức danh là Tứ Ất Mùi khoa Tiến sĩ cập đệ Đệ nhất danh Trình Quốc công trí sĩ, Vĩnh Lại Trung Am Hanh Phủ. Bia khắc chữ rõ ràng, gồm hai phần. Phần đầu là bài văn nói về việc dựng cầu đá và một bài minh 8 câu, mỗi câu 4 chữ, ca ngợi việc dựng cầu. Mặt sau tấm bia ghi lại việc trùng tu, tôn tạo chùa Thanh Quang. Theo nhà nghiên cứu Hán Nôm Nguyễn Hữu Tưởng,[8] trong lần khảo sát năm 2000, niên đại khắc trên mặt sau của bia là Dương Hòa tứ niên lục nguyệt thập bát cốc nhật (tức ngày mồng 4 tháng 6 năm Dương Hòa 4, 1640). Chữ trên mặt sau của bia khác hẳn so với chữ ở mặt trước. Với việc hai mặt bia có hai niên đại cách nhau 78 năm, có nội dung khác nhau, nét chữ khác nhau, là căn cứ để nhận định rằng, tấm bia này vốn chỉ có một mặt, được tạo vào năm Sùng Khang 3 (1568) để khắc bài văn của Nguyễn Bỉnh Khiêm.[9]

Đây được xem là những phát hiện lịch sử có giá trị lớn về Nguyễn Bỉnh Khiêm và thời Mạc bởi chúng giúp giải đáp hoặc bác bỏ nhiều tồn nghi qua nhiều thời đại về cuộc đời thực của Nguyễn Bỉnh Khiêm. Qua 3 tấm văn bia còn được lưu giữ gần như nguyên vẹn tại 2 huyện Quỳnh Phụ và Thái Thụy của tỉnh Thái Bình, chúng ta có thể biết đích xác một vài thông tin lịch sử quan trọng là Nguyễn Bỉnh Khiêm đã chính thức nghỉ hưu (trí sĩ) ở quê nhà Trung Am và được vua Mạc phong tước Quốc công (đứng liền trên tước Quận công và đứng ngay dưới tước Vương trong thứ bậc phong tước hiệu của các triều đại phong kiến Trung Quốc và Việt Nam ngày trước) từ trước năm 1568, tức là sớm hơn 17 năm trước khi ông qua đời.[8][9] Điều này trực tiếp bác bỏ quan điểm của nhiều nhà nghiên cứu là ông chỉ được truy phong tước Công sau khi mất (1585). Nó cũng đồng thời gián tiếp bác bỏ quan điểm gần như đã trở thành quen thuộc của giới nghiên cứu là Nguyễn Bỉnh Khiêm đã sớm về hưu sau có 7 năm (1535–1542) làm quan dưới triều Mạc và không còn quay lại tham chính sau đó.

Việc Nguyễn Bỉnh Khiêm được phong tước hiệu Quốc công (Trình Quốc công) ngay khi ông còn sống đã cho thấy sự khoản đãi và trân trọng của vua Mạc với ông lớn tới cỡ nào. Bởi tước Công thường chỉ được ban tặng cho những người thân thích trong hoàng tộc và những người có công lớn trong các cuộc dẹp loạn cứu giá hay các cuộc chiến chống giặc ngoại xâm. Ông không phải người thân thích trong hoàng tộc nhà Mạc, cũng không phải quan tướng cầm quân ra trận. Ông là một văn nhân Nho gia điển hình như sử sách và cả thơ văn của chính ông vẫn thường mô tả. Thực tế cuộc đời của Nguyễn Bỉnh Khiêm cũng cho thấy ông chưa bao giờ bị ràng buộc bởi "giấc mộng công hầu". Sử sách (như của Phan Huy Chú) cũng ghi nhận rằng ông mang lý tưởng giúp đời hơn là ôm tham vọng thăng quan tiến chức, bởi suốt những năm trai trẻ Nguyễn Bỉnh Khiêm đã chủ động không ứng thí nhiều khoa thi cuối triều Lê sơ và cả đầu triều Mạc. Ông chỉ bước vào chốn quan trường khi đã gần 50 tuổi, sau nhiều năm đứng ngoài quan sát thời cuộc. Đường quan lộ của ông kéo dài chưa đầy 30 năm, tính từ năm ông đậu Trạng nguyên ở tuổi 45 (1535) cho tới khi chính thức cáo quan về nghỉ hưu ở độ tuổi 73 như trong thơ văn của ông đã xác nhận. Tuy nhiên cho đến nay vẫn còn nhiều nhà nghiên cứu đồng tình với một sai sót lịch sử cơ bản về cuộc đời và sự nghiệp của Nguyễn Bỉnh Khiêm là ông chỉ có 7 năm (1535–1542) làm quan dưới triều Mạc rồi cáo quan về sống và dạy học ở quê nhà Trung Am cho đến lúc mất. Thực tế lịch sử phong kiến Việt Nam cho thấy phong cách "làm quan tại gia" (không ở thường trực tại kinh đô nhưng vẫn đủ quyền hành vua ban để có thể tác động đến chính sự từ xa) như Nguyễn Bỉnh Khiêm là thực sự ít gặp. Trước ông có trường hợp Chu Văn An nhưng sự nghiệp của Văn An chủ yếu nghiêng về mặt giáo dục hơn là tác động đáng kể đến chính sự nhà Trần.

Đặt giả thiết nếu sự nghiệp của Nguyễn Bỉnh Khiêm chỉ có 7 năm (trong cả cuộc đời kéo dài gần một thế kỷ của ông) phục vụ dưới triều Mạc và nếu ông không có những công tích đặc biệt với triều đại thì vua Mạc lấy lý do chính đáng nào để ban tước hiệu lớn đến vậy (tước Quốc công, Trình Quốc công) cho ông ngay lúc sinh thời, như nội dung 3 tấm văn bia được phát hiện tại tỉnh Thái Bình đã cho biết? Cần nhớ rằng, một công thần bậc nhất của nhà Mạc như Trạng nguyên Giáp Hải (1515–1586?) cũng chỉ được thăng đến tước Công sau khi ông đã có nhiều năm hết lòng phụng sự triều đại.[34][35] Cùng thời với Nguyễn Bỉnh Khiêm, những nhân vật có công không nhỏ với công cuộc trung hưng thành công của nhà Lê-Trịnh cuối thế kỷ 16 là Phùng Khắc Khoan (1528–1613)[93] và Nguyễn Hoàng (1525–1613) cũng chưa được phong quá tước Công lúc còn sống.[94] Cũng cần nhớ thêm rằng, một khai quốc công thần hàng đầu của nhà Lê sơ như Nguyễn Trãi (1380–1442), có công lớn với triều Hậu Lê đến mức tưởng chỉ đứng sau Lê Thái Tổ (Lê Lợi), nhưng chỉ được phong đến tước Hầu (tước phong của Nguyễn Trãi là Quan Phục hầu, đứng áp chót trong thứ bậc phong hầu cho các công thần nhà Lê sơ sau khi kháng chiến chống quân Minh thắng lợi) lúc sinh thời. Sau thảm án Lệ Chi Viên, Lê Thánh Tông đã xuống chiếu chiêu tuyết cho Nguyễn Trãi, nhưng cũng chỉ truy tặng ông tước Bá (Tán Trù bá), hạ bậc tước phong của Nguyễn Trãi khi còn sống. Sau đó, Lê Tương Dực cũng chỉ truy tặng Nguyễn Trãi trở lại tước Hầu (Tế Văn hầu).